Cole Young (Lewis Tan) elää elämäänsä ottamalla vastaan iskuja kehässä, mutta ei tiedä mitään todellisesta perinnöstään eikä siitä, miksi Outworldin keisari Shang Tsung (Chin Han) on lähettänyt tappavan Sub-Zeron hänen peräänsä. Cole joutuu pakenemaan ja etsimään vastauksia, kun hänen perheensä turvallisuus on uhattuna.
Matka vie hänet Sonya Bladen (Jessica McNamee) luo, joka toimii yhdessä Jax Briggsin (Mehcad Brooks) kanssa. Molempia yhdistää salaperäinen lohikäärmemerkki, joka viittaa suurempaan kohtaloon ja väistämättömään taisteluun.
Mortal Kombat rakentuu mytologisesta turnauksesta, jossa ihmiskunnan tulevaisuus ratkaistaan brutaaleissa yhteenotoissa, ja jossa Cole joutuu selvittämään, miksi juuri hän on vedetty mukaan sotaan, jota hän ei koskaan valinnut.
